艾草若是以食用为主，采集后放入袋子中密封放入冰箱冷藏，保存方式同一般蔬菜。切记不可洗过再入袋封存，应让艾叶保留一些土气，若经水洗过后冷藏容易腐烂。
若是以药用为主，必须依全草、叶部、茎部、根部分别进行干燥。进行干燥的地方必须是通风良好、避免阳光直晒的地方。在阴凉干燥处的优点就是可以保留较多的叶绿素，且外观颜色也好看。在家进行干燥时，叶部的含水量必须在15~20%。假设生叶有1千克，则干燥至150~200克即可。
艾草的保存方法及保存期限
全草：以流动的水清洗，再用软毛刷或干净牙刷刷去尘土后，以纸巾拍干表面水分。每十株束成一捆，倒挂在屋檐下，避免阳光直射。用白报纸包装后，装入厚纸袋中，置于阴凉干燥处，可放入一包干燥剂帮助除湿。期限：1年。
叶部：放入水盆中轻轻揉洗，沥干水分后平铺于竹篱上，放于阴凉处，每天翻搅两次。装入瓶子、铁罐或茶罐中，置于阴凉干燥处。期限：半年。
茎、根部：以软毛刷或干净牙刷清洗干净后，用纸巾拍干表面水分，切片后，入锅中蒸2~3分钟杀菌，放在阳光下暴晒。装入密封袋或密封罐中，放入冰箱冷冻室保存。期限：1年。
